由于她代理公司欠款，导致船运公司那边扣押货

问题可解，建议通过法律途径追讨欠款并申请支付令。依据《中华人民共和国民事诉讼法》，债权人可向法院申请支付令要求债务人给付金钱，不及时处理可能导致货物长期被扣押，造成经济损失和信誉损害。
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常见处理方式为起诉或申请支付令。若证据确凿，可直接向法院申请支付令，快速高效；若情况复杂，建议起诉，通过法律程序解决。
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可起诉或申请支付令。具体操作：1.收集购销合同等证据；2.若证据充分，向法院申请支付令，要求对方付款；3.若支付令无效或情况复杂，起诉至法院，通过法律程序解决纠纷。